Faren hadde i mange år hatt planer om at Luther skulle studere til jurist, og i 1505 begynte disse studiene. Men en dag skjedde det noe som satte en brå stopp for dette.

Da han den 2. juli 1505 var på vei hjem til foreldrene i Mansfeld, ble han overrumplet av et overhendig tordenvær, og i redsel for å bli truffet av lynet, lovet han St. Anna - skytshelgen for gruvearbeiderne - at han skulle bli munk.

Dette var en dramatisk kursendring i forhold til den utdannelsen han skulle ta. Det var ikke så uvanlig i samtiden å gå i kloster og vie sitt liv til Gud. Så beslutningen om å bli munk var kanskje ikke et så spontant innfall som en skulle tro, tatt i betraktning at han følte seg syndig og ufullkommen og ønsket å tjene Gud på en bedre måte.

Dagen var fylt av obligatoriske plikter, men straks han hadde et ledig øyeblikk, leste han så ofte han kunne. Han fikk ikke nok søvn, og han tok seg knapt nok tid til å spise.

Han fant en bibel som var lenket til klostermuren, og dit gikk han ofte for å lese.

Etter hvert som overbevisningen om synd ble sterkere og sterkere, forsøket han å gjøre ting som skulle mildne Gud slik at han kunne få tilgivelse og sjelefred. Han fastet, våket og pisket seg, og han vek ikke tilbake for noe for å vinne gunst hos Gud.

Han drev seg selv så hardt, og det var så ille, at han tappet seg for krefter og fikk besvimelsesanfall - disse kom han aldri helt over.

Men ikke noe av dette hjalp ham til å få sjelefred, og han var dypt fortvilet. Datidens bilde av en streng og nådeløs Gud satt for fast i sinnet hans.

Dette var samme året som Pave Julius II utlyste en avlat for å dekke byggekostnadene av Peterskirken i Rom. 10 år senere skrev Luther sine berømte teser - setninger - mot avlatshandelen, ikke for å avskaffe avlatet, men fordi motivet for avlatshandelen var griskhet etter penger.

Da Luther allerede var magister i filosofi, bestemte klosterforstanderen seg for å sendte Luther av sted for å studere teologi. Han studerte både i Wittenberg og Erfurt.

I 1511 slo han seg ned ved universitetet i Wittenberg. Her brukte han tiden til å studere Bibelen på grunnspråket.

Han begynte å holde forelesninger over Bibelen, og snart hadde han en stor forsamling begeistrede tilhørere.

Staupitz som var hans venn og overordnede, oppmuntret han til å begynne å preke og forkynne Guds Ord. Men Luther var i tvil, for han følte seg uverdig til å tale til folk i stedet for Kristus. Først etter lange overtalelser fra vennen, ga han etter og begynte å preke.