Av Nonneseter kloster er den nederste del av kirkens tårn og det søndre korkapell bevart. Døvekirken har i dag tilhold i kapellet. Restene av klosteranlegget ligger under bakken mellom tårnfoten og døvekirken, i området Kaigaten.
Nonnekloster (cisterciensere?), trolig opprettet omkring 1150 og viet St. Maria. I 1507 ble klosteret overdratt til antonitterne. I 1528 ble det sekularisert og ombygget til privat residens.
Nonneseter kloster nevnes med sikkerhet først i 1262. En samtidskilde fra 1191 omtaler imidlertid et kloster som kan være Nonneseter. Også når det gjelder ordenstilhørigheten, hersker det usikkerhet. Først så sent som i 1494 finner vi sikre opplysninger om at det dreier seg om et cistercienserkloster.
Antonittermunkenes periode ble kort. Allerede etter 21 år gjorde Vincent Lunge klosteret om til en privat og befestet residens, som fikk navnet Lungegården. Mot slutten av 1500-tallet var deler av anlegget revet.
Nonneklosteret ble plassert på et nes på nordsiden av Lillestrømmen, som den gang forbandt Store og Lille Lungegårdsvann. Den bevarte tårnfoten står i dag like ved Bergen offentlige bibliotek. Den måler utvendig 8,6x8,6m og var opprinnelig kledd med kvaderstein. I vestmuren er det en rundbuet portalåpning og likeledes en i østmuren mot kirkens skip. Inne i tårnfoten er det rundbuete krysshvelv bevart.
Tårnfoten ble antakelig reist før selve kirkeskipet og har et alderdommelig stilpreg - noe som understøtter formodninger om at her kan ha vært et eldre anlegg før cistercienserae kom til landet, medbringende sin karakteristiske byggeskikk.
Kirken strakte seg østover fra tårnet. Det ser ut til at den opprinnelig bare hadde en lengde på ca 33 m, men at den senere ble forlenget mot øst med nytt kor og korkapeller i annen halvdel av 1200-tallet. Den fikk da en total lengde på ca 50 m, tårnet iberegnet, og en bredde på 11,2 m, målt utvendig. Kirken var enskipet. Nord for kirken lå kirkegården, mens selve klosteranlegget må ha ligget på sørsiden. De murrester som er påvist i dette området gir imidlertid for få holdepunkter til å kunne si noe om utformingen.
Et korkapell er også bevart. Den rektangulære bygningen måler 8,6x7,2m utvendig og har to firedelte spissbuede krysshvelv. Spor tyder på at et tilsvarende kapell har ligget inntil koret på nordsiden.
Klosterkirken og områdene omkring ble undersøkt i 1872 (P. Blix) og i 1892 (A. S. Schack Bull). Resultatene ble sammenstilt av B. E. Bendixen i 1893.
Bendixen, B. E. (1893): Nonneseter klosterruiner. Udgivet af Foreningen til norske fortidsmindesmærkers bevaring. Bergen. I: Kunst og haandverk fra Norges Fortid.
Lidén, H.-E. og E. M. Magerøy (1980): Norges kirker. Bergen I. Bergen, s. 161-170.