Rester etter klosteret finnes i grunnen under Klostergata 47 og 60-62 og under gatelegemet mellom disse eiendommene, like syd for Nidelva i Trondheim.
Augustinerkloster som ble grunnlagt senest i 1183 og nedlagt ved reformasjonen. I 1564 brant klosteret.
Elgeseter (eller Helgeseter) kloster ble grunnlagt av erkebiskop Øystein. Dateringen er usikker. I 1183 ser vi klosteret omtalt første gang. Det hadde en strategisk beliggenhet, like ved broen som dannet innfallsporten til byen sydfra. Klosteret sto da også sentralt i de rikspolitiske begivenheter, blant annet var det innblandet i stridighetene under kong Sverre Sigurdsson i annen halvdel av 1100-årene, da han utkjempet slagene på Kalvskinnet og Ilevolden mot Erling Skakke og hans sønn Magnus. I 1240 søkte hertug Skule tilflukt i klosteret etter å ha blitt overrasket av kong Håkon Håkonssons menn. Klosteret ble satt i brann, hertug Skule tvunget ut og hugget ned.
Mot slutten av middelalderen gikk det tilbake med det betydningsfulle klosteret. Hva som skjedde under reformasjonen er ikke kjent, men klosterets prior ble sittende helt frem til 1546, da superintendenten (den lutherske biskopen) flyttet inn. l 1559 overtok lensherren anlegget og i 1564 ble det brent ned under stridighetene med svenskene. Etter 1606 ble Elgeseter kloster benyttet som steinbrudd.
Gerhard Schøning tegnet i 1773 et «Grundris over Helgesæter-Kloster efter de endnu overblevne Levninger.» Ifølge hans tegninger var kirken treskipet og målte 30,5x21m innvendig. Med tillegg av koret, som målte 16,5x13,5m, var kirken totalt ca 50 m lang.
L. D. Kluwer, som undersøkte klosteret i 1820, kunne konstatere at alle bygningsrester da lå under bakken. I 1866 - 67 ble det gravet i ruinene, men først under arbeidene i 1892 ble restene dokumentert (W. Bergstrøm). Også senere er det under byggearbeider påtruffet rester som bare er blitt nødtørftig dokumentert; i 1915, 1925, 1928 og i 1952. Alle de forskjellige data er tegnet sammen, men er vanskelige å tolke. Mest forståelig blir det når vi legger Schønings plan over tegningene av de påviste funn. Da kan murrestene settes i sammenheng med klosterkirken. Kirkegården har som vanlig ligget nord og øst for denne. De øvrige klosterbygningene ser ut til å ha ligget på sydsiden, det vil si under bygningen og gårdsplassen til «Klosterdalen» (Klostergata 47).
Lunde, 0. (1977): Trondheims fortid i bygrunnen. Trondheim. (Riksantikvarens skrifter, nr. 2) s. 145-148 og 215.