Da Plotin var ca. seksti år gammel fikk han eleven Porfyrios (232-304), som senere samlet og utga sin lærers filosofiske manuskripter. Han delte dem nokså arbitrært i seks enneader (grupper på ni avhandlinger). Av respekt for sin lærer ønsket han å bevare skriftenes litterære stil, som var ganske komplisert bl.a. fordi Plotin hadde så dårlig syn at han ikke kunne korrekturlese og redigere sine skrifter. Enneadene har derfor representert en utfordring for senere fortolkere.
Hos Plotin får den orfisk-platonsk-pythagoreiske "hinsidig-rettede" strømningen et systematisk uttrykk.
Gud (Det Ene) er absolutt transcendent. Han ligger forut for alle eksisterende ting og er hinsides det begrep om væren som vi baserer på erfaring av eksisterende ting. Siden han er én og udelt, kan det ikke være i ham noen dualitet av substans og aksidens. Plotin tilkjenner ham derfor ingen positive attributter. Han kan ikke tilskrives noen tanke, vilje eller aktivitet, fordi alt dette ville innebære et skille mellom subjekt og objekt, og Gud er hinsides enhver distinksjon. Gud kan ikke engang ha noen bevissthet om seg selv, fordi han ikke kan skille seg selv fra seg selv. Enhet og Godhet er således Guds eneste predikater, siden han er Det Ene og Det Gode.
Alle eksisterende ting er emanasjoner av Gud, som selv forblir uforandret og uberørt. Verden kan billedlig sees som en serie konsentriske sirkler med Det Ene som midtpunkt og materien som yttergrense. Materien er, i sin posisjon som lengst borte fra kilden til all eksistens, et eksistensens grensetilfelle. Den er definert som det rent onde. Plotin er imidlertid ikke dualist: Ondskap er negativt bestemt som fravær av Det Gode.
Mellom Det Ene og materien ligger tre grader av virkelighet:
Fornuften (nous), som ligner Aristoteles' Ubevegede Beveger, tanken som tenker seg selv. Her ligger alle Platons ideer, som blir tenkt idet fornuften vender seg mot seg selv.
Verdenssjelen (psyche), som tilsvarer Verdenssjelen i Platons Timaeos. Den er todelt og rettet både mot nous og mot materien, som den former med ideene som forbilder. Herav oppstår
Naturen (fysis), som er den sansbare verden.
Mennesket er et mikrokosmos og har alle disse prinsippene i seg. Før fødselen var dets sjel en del av den udelelige sjel og skuet der ideene, Fornuften og Det Ene. Idet Verdenssjelen søkte å forme materien, ble den knyttet til denne og antok legemlig form. Da ble den delt opp og tilknyttet de forskjellige menneskelegemer.
Vanligvis er menneskets bevissthet fylt av den diskursive tenkning som tilkommer Sjelen, men den har mulighet til å forfalle til Naturens drømmeaktige nivå eller heve seg opp til Fornuftens intuitive aktivitet gjennom intellektuell disiplin. Hinsides Fornuften ligger muligheten for mystisk union med Det Ene. Porfyrios forteller at Plotin i løpet av de seks årene han var hans elev, oppnådde denne høyeste innsikt ved fire anledninger.
Plotin polemiserte mot gnostisk verdensforakt og understreket den kosmiske enhet, som også danner den rasjonelle basis for profetier og demonmagi. Hans skrifter sier ingenting om kristendommen, som må ha vært kjent for ham. Han har likevel hatt stor innflytelse på kristen tenkning via St. Augustin av Hippo (354-430).