Etter å ha herjet i Sør-Italia høsten 1347 fulgte den handelsveiene til Marseille, Paris, Sør-Tyskland og Ungarn. Vinteren 1348-9 falt den tilsynelatende til ro før den igjen brøt ut og spredte seg til Nord-Frankrike, Nederlandene, England og Norden. I Norden var det atlanterhavshavnen Bergen som først ble rammet. Hanseatene førte den så til Island, og fra Norge spredte den seg til østersjølandene og tilslutt til Russland som ble rammet i 1351. Polen, som stengte grensene unntatt for jødiske flyktninger, ble spart.
Det nærmeste legene kunne komme en forklaring, var læren om miasmene, en arv fra antikkens greske medisin. Miasmer var "onde luftarter" i atmosfæren, og som ga seg tilkjenne som dårlig, illeluktende luft. Man antok f.eks. at solen hadde tørket ut Det indiske hav og at den onde luften skrev seg fra råtnet fisk. Stanken fra de pestrammede bekreftet teorien, som var utbredt helt til Louis Pasteur og Robert Koch oppdaget mikroorganismene i siste halvdel av 1800-tallet.
Kirkens remedier var messelesning, frembæring av hellige relikvier og klokkeringing. Mange trodde også at Guds vrede kunne mildnes av botsøvelser, og flagellantbevegelser som de tyske "Korsets brødre" fikk stor oppslutning. Den kjetterske, anarkistiske millenaristbevegelsen som baserte seg på Joakim av Fiores (1100-tallet) profetier, fikk også en renessanse.
Andre flyktet ut av byene, som de unge florentinske adelige i Boccaccios Dekameronen. Jødene var nå som tidligere en pariakaste i det kristne Europa. Da en jødisk lege i Sør-Frankrike under tortur tilstod å ha forårsaket pesten ved å forgifte en brønn, utviklet det seg til ville pogromer over hele Europa. Så langt nord som i Sverige ble jøder arrestert og henrettet. Også flagellantene føyde antisemittisme til sitt allerede nokså makabre repertoar. For pave Clemens VI, som argumenterte at jøder var like utsatt for pesten som andre, var dette den vektigste grunnen til å stoppe bevegelsen.
Pesten forsvant like plutselig som den hadde kommet. Europas befolkning var redusert med mellom en fjerdedel og en tredjedel. Siden førte gjentatte mindre pestepidemier, samt det faktum at det særlig var unge mennesker som omkom, til at folketallet fortsatte å synke helt til det nådde et bunnivå i ca.1450. Da var Europas befolkning etter svartedauden og dens ettervirkninger nærmest halvert i forhold til 1200-tallets 100 millioner innbyggere. Pengeøkonomien fikk sitt gjennombrudd i og etter pestårene. Arbeidsledigheten var nå erstattet av en stor mangel på arbeidskraft, og lønningene ble presset i været, særlig i byene, som hadde mistet flest mennesker i pesten. De høye lønningene lokket leilendinger til å forlate gårdene sine og søke lykken som dagarbeidere istedet. Et kraftig prisfall på jordbruksvarer, som følge av at det nå var færre munner å mette, stimulerte byenes vekst ytterligere.
Døden fikk i årene etter pesten en sentral plass i folks bevissthet. Apokalyptiske dommedagsvisjoner var ikke uvanlige i middelalderen, men antallet ble nå mangedoblet. Memento mori- (Husk at du skal dø!) temaet ble et yndet tema for kunstnere, som malte åpne graver og dansende dødninger.
Kirken ble også utsatt for kritikk i kjølvannet av Svartedauden. Mange var skuffet over dens maktesløshet stilt overfor Guds vrede. Særlig fransiskanerne raste mot Kirkens hang til rikdom. Folkereligiøse bevegelser som f.eks. Maria-dyrkelsen fikk et kraftig oppsving. Maria, et moderlig element i en ellers mannsdominert kristendom med strenge rettferdighetskrav, holdt i denne tiden nesten på å fortrenge treenigheten i folks bevissthet.
Hos andre førte dødsangsten til at de kastet seg ut i hedonistisk livsutfoldelse og begynte å dyrke Satan og Antikrist. Dette var en del av opphavet til den tro på trolldom og hekseri som skulle vokse seg sterk på 1400-tallet.