I diskursanalysen forsøker Foucault å si noe om hvordan man som historiker kan forholde seg til ulike tekster. Med "diskurs" forstår han det skrevne og talte ord for så vidt som ordene er knyttet til bestemte institusjoner. Diskurs kan derfor omfatte så forskjellige fenomener som lærerens karaktersetting, et fengselsreglement eller en idéhistoriebok. Diskurs er med andre ord knyttet til de virksomhetene foregår i bestemte institusjonelle settinger (f.eks. skole, fengsel, universitet). I en diskursanalyse tas det ikke stilling til om det som sies er sant eller moralsk riktig, man forsøker kun å undersøke hvordan vitensutøverne innenfor et bestemt felt snakker og skriver på bestemte måter (slå opp i et medisinsk fagtidsskrift, og du vil fort finne ut at dette ikke er ditt språk - med mindre du er lege).
Med sin diskursanalyse vil Foucault også vise hvordan ulike vitenskaper utgjør systemer eller "diskursive formasjoner" (jf. Thomas Kuhns "paradigmer"). Vitenskapene gjennomgår grunnleggende brudd. Skillene pleier Foucault å sette omkring 1600 og 1800. I vitenskapene om levende vesener skjer det eksempelvis først et brudd mot slutten av renessansen (med dannelsen av naturhistorien) og dernest et brudd på slutten av 1700-tallet (med dannelsen av biologien). Et slikt brudd indikerer at biologien ikke uten videre kan sies å være en videreutvikling og forlengelse av naturhistorien. Grovt sagt kan man si at naturhistorien klassifiserte dyr og planter ut fra "ytre" kjennetegn (f.eks. kronbladenes størrelse, antall, form og plassering), mens man i biologien klassifiserer dyr og planter ut fra "indre" kjennetegn (reproduksjonssystem, ernæringssystem o.l.). Dette skrev Foucault om i boken Tingenes orden.
I maktanalysen forsøker Foucault å vise hvordan makt og viten er sammenvevd. Den makt det her er snakk om er ikke den makten en regjering har over et folk eller borgerskapet har over arbeiderklassen, men makten slik den utøves når bestemte profesjonsgrupper søker å beskrive, klassifisere og "diagnostisere" mennesker. Eksamenssituasjonen er paradigmatisk: For å kartlegge studentenes kunnskaper, framstillingsform og argumentasjonsevner må man sette dem i en situasjon som (av studentene) ofte kan oppleves som underkuende (jf. muntlig). For å etablere viten (om studentene) må de underlegges maktmekanismer. Foucault tar i sin maktanalyse ikke stilling til om den makten som utøves er legitim, men analyser kun hvilke teknikker som benyttes, hvilke tiltak som settes i verk, hvilke strategier som søkes gjennomført osv. Foucault har således forsøkt å vise hvordan moderne menneskevitenskaper utgjøres av et sett av maktpraksiser som har ulike historiske, sosiale og institusjonelle opphav.
I sine senere år forsøkte Foucault også å analysere selvforholdspraksiser, dvs. de teknikker og strategier individene benytter for å kontrollere, regjere og forvalte seg selv slik at de skal bli bedre, dyktigere, mer selvkontrollerte osv. Han gikk her helt tilbake til de gamle grekere og romere. Prosjektet gikk ut på å vise hvordan den seksuelle atferden ble et problem i disse kulturene innenfor dietetikken (kunsten å spise, drikke og elske på rett måte), husholdet (forholdet mellom mann og kone) og pederastiet (forholdet mellom mann og yngling). Denne problematseringen førte ikke bare til at grekere og romere (det er her snakk om eliten naturligvis) forsøkte å arbeide på seg selv, men den førte også til en stor diskursproduksjon (håndbøker, traktater, avhandlinger osv.). Denne diskursproduksjonen kunne dernest tas opp av de kristne (ikke uten å gjennomgå radikale transformasjoner) som i sin tur kunne formidle disse diskursene og teknikkene videre (i tranformert form) til våre dagers vitenskaper om kjønn og seksualitet.