Jonsklosteret lå i området Strandgaten-Tårnplass i Bergen.
Augustinerkloster som trolig ble opprettet omkring 1150 og viet St. Johannes Bapt.. Det ble gradvis avfolket på 1400-tallet og brant i 1489.1 1552 fikk Bergen by bruksretten til kirken, som etter flere branner ble revet på 1700-tallet.
Det hersker usikkerhet omkring tidspunktet for opprettelsen av klosteret. Man mener det skjedde på midten av 1100-tallet, selv om det først blir omtalt i 1208. Klosteret ble plassert ved bebyggelsen innerst i Vågen på sydsiden.
Forholdsvis lite er kjent om dette klosteret, som trolig brant ned sammen med resten av bydelen i 1489. Klosteret var i økonomiske vanskeligheter helt fra 1300-tallet. I 1450 ble klostergodset overført til domkapitlet. Kirken ble stående, og lybske bergensfarere testamenterte gaver til den helt fram til 1517.
I 1552 fikk byens borgere bruksretten til kirke og kirkegård for å bygge rådhus der. Dette ble det imidlertid ikke noe av. Etter branner i 1561, 1640 og 1702 var det lite igjen av anlegget, som på 1700-tallet ble brutt ned til grunnen.
Helt opp til forrige århundre eksisterte det fremdeles noen hvelvede kjellere fra klosteret, og i 1823 tegnet L. D. Kluwer en planskisse over de synlige bygningsrestene. Under gravearbeider i 1895 støtte man på rester av klosterkirken, slik at denne kan lokaliseres. Kirkegården har ligget nord og øst for kirken i området ned mot Strandgaten.
Det er tvilsomt om det fremdeles er mulig å finne vesentlige spor etter klosterbygningene bevart i grunnen.
Lidén H.-E. og E. M. Magerøy (1980): Norges kirker. Bergen I. Bergen, s. 142-144.